魚飼育システム-循環水槽（Fish breeding system）: ラボに大型両面4段のものが6台あります。MEITO水園のものを使用しています。
共焦点顕微鏡ニコンA1R+（Confocal microscopy, Nikon A1R+）: 速度も感度も高い共焦点顕微鏡です。Matsui LAB.ではこの共焦点顕微鏡が日々のルーチン観察用になります。
ライカTHUNDERモデル生物（Leica THUNDER model organism）: Computational Clearing によって構造の細部まで明瞭な画像が得られる実体顕微鏡。ゼブラフィッシュや厚みのあるサンプルの全体像を掴みたいときに力を発揮します。
超解像顕微鏡（Super-resolution microscopy）：ニコンのSIM + STORMです。なかなかにハイエンドの機器その1。
ハイコンテント共焦点イメージング（High-content confocal imaging)：横河電機のCV8000です。なかなかにハイエンドの機器その2。共通機器ですが管理するのが自分だと思うと気が重い面もあります。
プレートリーダー（Plate reader）: 蛍光も吸光も発光も計測できます。プレートリーダーは現在ラボに3台あります。
Nanodrop
PCRは4台、real-time PCRは2台設置しています。
培養細胞の部屋: クリーンベンチ2台、CO2 incubator 2台、Nepa21エレクトロポレーター、自動セルカウンターCellDropなどを設置しています。
Single Cellome Unit SU10